Le microbiote humain est l’ensemble des micro-organismes que l’on retrouve au niveau des muqueuses comme la peau, le système digestif et chez la femme, au niveau vaginal.

Le microbiote intestinal est également connu sous le nom de flore intestinale. Il est composé de 100 000 milliards – soit 10¹⁴ – de micro-organismes tels que des bactéries, des virus, des parasites, des levures ou des champignons [1,2].

Les micro-organismes se décomposent en plus de 1500 espèces, réparties dans plus de 50 phylums. Parmi tous ces phylums, la population du microbiote intestinale est principalement représentée par les Bacteroidetes, les Firmicutes, les Proteobacteria, les Fusobacteria, les Tenericutes, les Actinobacteria et les Verrucomicrobia [3].

Rappel sur la nomenclature en microbiologie [4] :

Il existe une diversité de bactéries qui colonisent le microbiote intestinal de manière graduelle, en partie due au fait que certaines se développent en présence d’oxygène, les souches aérobies (les genres Enterococcus, Staphylococcus…) notamment au niveau de l’intestin grêle. Alors que d’autres se développent au niveau du côlon, sans oxygène, les souches anaérobies (les genres Bacteroides, Clostridium, Bifidobacterium…) [5].

La composition du microbiote est aussi dépendante de facteurs comme le type d’accouchement selon que ce soit par voie vaginale ou par césarienne [6,7].

La génétique et l’âge peuvent également entrer en jeu dans la constitution de la population microbienne. En vieillissant la diversité microbienne diminue et laisse place à des pathogènes opportunistes [2]. Pour finir, le microbiote intestinal peut être influencé selon le régime alimentaire suivi, et la prise d’antibiotique [2,6,7].

Tous ces facteurs montrent la variabilité que le microbiote peut avoir en fonction des individus et selon sa localisation dans l’organisme.

L’ensemble des micro-organismes joue un rôle important dans la protection contre les agents pathogènes, en ayant un effet barrière et en stimulant le système immunitaire.

Il permet également l’absorption du calcium et le métabolisme des glucides, des protéines et des lipides qui n’ont pas été digérés dans le haut du tractus digestif. Le microbiote agit sur la croissance et le développement osseux, tout comme il influence la sécrétion de l’insuline. Il entre aussi en jeu dans la synthèse de vitamines et de substances neurochimiques, qui peuvent avoir un impact au niveau du cerveau sur l’humeur et le comportement [1,2].   

Face à une infection bactérienne il est courant de consulter un médecin, qui prescrit des antibiotiques. Le rôle d’un antibiotique va être d’éliminer les bactéries pathogènes lors de l’infection. En revanche il n’agit pas contre les virus, les parasites ni sur les levures ou les champignons.

Il existe une variété d’antibiotiques qui ont des spectres d’actions différents. Ils peuvent agir sur une majorité d’espèces pathogènes ou ils peuvent avoir un spectre d’action plus limité. Seulement un antibiotique lorsqu’il agit, ne distingue pas les bactéries pathogènes des bactéries bénéfiques. Il élimine tout. C’est pourquoi, il est recommandé de faire une cure de probiotiques en parallèle de la prise d’antibiotiques, pour repeupler le microbiote de bactéries. N’hésitez pas à demander conseils à votre pharmacien lors de la prise d’un antibiotique.

Attention toutefois, l’antibiorésistance est le pouvoir d’une bactérie à développer un mécanisme de défense contre les antibiotiques. Le fait de ne pas respecter les délais de prescription d’un antibiotique ou d’y être exposé régulièrement, les bactéries peuvent devenir résistantes. L’efficacité peut alors être diminuée ou annulée, et la bactérie peut continuer de se propager sans pouvoir être soignée [8,9].

En pharmacie, le Cyclamed© s’occupe de collecter les médicaments non utilisés et périmés [10]. A la fin du délai de prise d’un antibiotique, vous êtes invités à déposer le surplus auprès de votre pharmacie.

Qu’est-ce que c’est ? 

L’INSERM définit les prébiotiques comme des « aliments spécifiques du microbiote, tels les polysaccharides, non utilisables par l’être humain » et les probiotiques comme des « microorganismes vivants qui, consommés en quantités adéquates, sont bénéfiques pour la santé de l’homme. » Les prébiotiques et probiotiques ont donc des actions complémentaires.

Les probiotiques sont principalement des bactéries, telles que les bifidobactéries, les lactobacilles, les lactocoques, et des levures telles que les saccharomycètes. Ces microorganismes sont naturellement présents dans de nombreux aliments fermentés tels que les yaourts, le fromage, la choucroute ou les boissons comme le kombucha et le kéfir. Ils peuvent également être consommés sous la forme de compléments alimentaires.

Les aliments qui ont un effet prébiotique vont favoriser la croissance ou l’activité des bactéries bénéfiques à notre flore intestinale. Contrairement aux probiotiques, les pré-biotiques n’apportent pas de microorganismes mais ils permettent de nourrir et d’assurer la croissance de ceux déjà présents.

Les prébiotiques sont présents dans les fruits, les légumes, les céréales et les légumineuses sous forme de fibres alimentaires. Les principales fibres ayant un effet prébiotique sont l’inuline, les fructo-oligosaccharides et les galacto-oligosaccharides.

Les bienfaits des pré et probiotiques sur notre organisme

Les pré et probiotiques vont tous deux participer à rééquilibrer la flore intestinale. En effet, ils vont permettre d’augmenter le nombre de microorganismes bénéfiques pour notre microbiote et de diminuer ceux qui sont néfastes.

Les probiotiques participent donc au maintien de la santé de notre système digestif et permettraient de lutter contre certaines pathologies gastro-intestinales. Les prébiotiques participent à la régulation du transit intestinal. Beaucoup d’études sont en cours pour mieux comprendre le fonctionnement du microbiote intestinal et évaluer l’intérêt des pré et probiotiques.

Un régime peut-il impacter notre microbiote ?

Les études montrent que tout changement brutal de régime alimentaire peut entraîner une altération de la composition du microbiote. Par exemple, le régime méditerranéen enrichit la diversité du microbiote.

Il a d’ailleurs été montré que le microbiote des personnes suivant un régime méditerranéen est significativement différent de celui des personnes ayant un régime occidental classique. De plus, les régimes alimentaires riches en protéines animales diminuent la diversité du microbiote.

Quels risques en cas de microbiote déséquilibré ?

Il arrive que la composition du microbiote soit altérée. La répartition des micro-organismes est modifiée, la diversité est diminuée, c’est ce qu’on appelle la dysbiose [11].

Ce déséquilibre microbiotique pourrait être source de nombreuses maladies comme les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) [12], l’obésité [13], le diabète [11], la dépression & l’anxiété [14,15] ou des maladies cardio-vasculaires [11] …

Nos sources

1. Landman, C. & Quévrain, E. Le microbiote intestinal : description, rôle et implication physiopathologique. Rev. Médecine Interne 37, 418–423 (2016).

2. Gomaa, E. Z. Human gut microbiota/microbiome in health and diseases: a review. Antonie Van Leeuwenhoek 113, 2019–2040 (2020).

3. Jethwani, P. & Grover, K. Gut Microbiota in Health and Diseases – A Review. Int. J. Curr. Microbiol. Appl. Sci. 8, 1586–1599 (2019).

4. Oren, A., Arahal, D. R., Rosselló-Móra, R., Sutcliffe, I. C. & Moore, E. R. B. Y. 2021. Emendation of Rules 5b, 8, 15 and 22 of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes to include the rank of phylum. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 71, 004851.

5. Microbiote intestinal (flore intestinale) ⋅ Inserm, La science pour la santé. Inserm https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/.

6. Milani, C. et al. The First Microbial Colonizers of the Human Gut: Composition, Activities, and Health Implications of the Infant Gut Microbiota. Microbiol. Mol. Biol. Rev. MMBR 81, e00036-17 (2017).

7. Bokulich, N. A. et al. Antibiotics, birth mode, and diet shape microbiome maturation during early life. Sci. Transl. Med. 8, 343ra82 (2016).

8. L’antibiorésistance : pourquoi est-ce si grave ? – Ministère des Solidarités et de la Santé. https://solidarites-sante.gouv.fr/prevention-en-sante/les-antibiotiques-des-medicaments-essentiels-a-preserver/des-antibiotiques-a-l-antibioresistance/article/l-antibioresistance-pourquoi-est-ce-si-grave.

9. Résistance aux antibiotiques. – Santé Publique France. https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/infections-associees-aux-soins-et-resistance-aux-antibiotiques/resistance-aux-antibiotiques.

10. Médicaments Périmés, non utilisés à rapporter en pharmacie | Cyclamed. https://www.cyclamed.org/ (2018).

11. Iatcu, C. O., Steen, A. & Covasa, M. Gut Microbiota and Complications of Type-2 Diabetes. Nutrients 14, 166 (2021).

12. Nishino, K. et al. Analysis of endoscopic brush samples identified mucosa-associated dysbiosis in inflammatory bowel disease. J. Gastroenterol. 53, 95–106 (2018).

13. Liu, B.-N., Liu, X.-T., Liang, Z.-H. & Wang, J.-H. Gut microbiota in obesity. World J. Gastroenterol. 27, 3837–3850 (2021).

14. Liang, S., Wu, X., Hu, X., Wang, T. & Jin, F. Recognizing Depression from the Microbiota–Gut–Brain Axis. Int. J. Mol. Sci. 19, 1592 (2018).

15. Simpson, C. A. et al. The gut microbiota in anxiety and depression – A systematic review. Clin. Psychol. Rev. 83, 101943 (2021).

Sakkas, H. et al. Nutritional Status and the Influence of the Vegan Diet on the Gut Microbiota and Human Health. Medicina (Mex.) 56, 88 (2020).

Zmora, N., Suez, J. & Elinav, E. You are what you eat: diet, health and the gut microbiota. Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 16, 35–56 (2019).

Merra, G. et al. Influence of Mediterranean Diet on Human Gut Microbiota. Nutrients 13, 7 (2020).

Berding, K. et al. Diet and the Microbiota-Gut-Brain Axis: Sowing the Seeds of Good Mental Health. Adv. Nutr. Bethesda Md 12, 1239–1285 (2021).

Paoli, A. et al. Ketogenic Diet and Microbiota: Friends or Enemies? Genes 10, E534 (2019).

Beam, A., Clinger, E. & Hao, L. Effect of Diet and Dietary Components on the Composition of the Gut Microbiota. Nutrients 13, 2795 (2021).